Merkkikynä on kynä, jossa on värikkäästi pigmentoitua mutta läpinäkyvää mustetta (usein neonvärisiä), ja se on tarkoitettu käytettäväksi tussina kirjoissa tai muistiinpanoissa olevan tärkeän tekstin päällä helpottamaan näiden tietojen löytämistä myöhemmin.